Buenas!
Un error que me parece que puede inducir el manual de Intel es en esta parte:
"Verify that you have this Path entry:
For 32-bit operating systems: %QUARTUS_ROOTDIR%\bin
For 64-bit operating systems: %QUARTUS_ROOTDIR%\bin64"
Es factible que tengas la versión 32bit de Quartus en un sistema de 64bit, lo cual funciona sin problemas.
Si es este el caso, la ruta que tienes que agregar en las variables de entorno del sistema es la que corresponde a la versión 32bit, a pesar de que tu sistema operativo sea de 64.
Espero que ayude! confirmame si te soluciona
Saludos,
Manuel