Franco, Roberto:
a ver si entendí lo que están haciendo. El sistema está armado conectando bloques jerárquicamente. El bloque de más alto nivel (top level entity para Quartus) es "sistema_top". Dentro de ese esquemático está instanciado el bloque "sistema", definido en el archivo sistema.bdf
Supongo que lo que hicieron fue lo siguiente: dentro de sistema.bdf borraron el componente "input" etiquetado como SW, pero dejaron incambiado el archivo sistema_top.bdf.
En ese caso Quartus da un error (*) porque encuentra una inconsistencia entre la instanciación de "sistema" en sistema_top.bdf (el símbolo que generaban en Diseño lógico) que sigue diciendo que "sistema" tiene una entrada SW[8], y la definición del bloque "sistema" dentro del archivo sistema.bdf en el cual ustedes borraron la entrada SW[8].
Para arreglarlo pueden, o bien dejar la entrada SW en sistema.bdf y que aparezca un warning, o bien volver a generar el símbolo para el bloque sistema (esto es lo más cómodo y menos riesgoso) y actualizarlo en la instancia en el bloque sistema_top.
Si lo que hicieron era otra cosa y no lo que yo supuse, entonces por favor expliquen con más detalle.
julio
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(*) 8 errores como este, uno por cada bit:
Error (12002): Port "SW[0]" does not exist in macrofunction "inst4"