Buenas, Pablo. Estás pensando bastante bien estas situaciones. No te puedo decir mucho sobre la "energía de transporte" en la que estás pensando, porque no sé cómo las estás definiendo. En todo caso, capaz que le encontramos un nombre mejor.
En las notas teóricas (
enlace), en la sección 3.3.1 se resuelve un sistema de este estilo aplicando una idea parecida a la que planteas. Ahí simplemente le llama al ejemplo un sistema no conservativo preintegrable. Revisá los comentarios luego de la solución, por favor.
En los apuntes de Marotti de trabajo y energía (
enlace), hay un ejemplo de este tipo a partir de la página 12 que se resuelve en un sistema inercial y en uno no inercial para comparar y discutir las soluciones. Estaría bueno que lo repases para ver si se entiende.
También es útil revisar la solución detallada del ejercicio 9 (
enlace), aunque es preferible que lo intentes resolver por tu cuenta primero.
No dudes en preguntar si quieres ver algún detalle específico de esos ejercicios.
Suerte,
NC