Reinstalé el programa sin marcar ninguna opción, y no me apareció el archivo NppExec.ini en la dirección "C:\Usuarios\Gabriel\AppData\Roaming\Notepad++\plugins\config". Reinstalé el programa por segunda vez, seleccioné la opción "Allow plugins to be loaded..." y me apareció el archivo. Asi que simplemente copié los que venian en el paquete de herramientas y listo, todo parece funcionar ¡por ahora!
Gracias.