Hola Rodrigo,
Muchas veces pueden encontrarse con que al aplicar un proceso les pasa esto que mencionas. Hay algún dato en la capa que tiene un error y esto hace que el proceso de error o no termine.
Entonces, hay varias maneras para tratar esto. Pueden encontrar cuál es el elemento que da error y corregirlo. En este sentido Qgis tiene dentro de las herramientas espaciales un comprobador de geometría. También tiene una herramienta que hace la reparación de geometrías de una capa, que busca en los elementos que tienen error y los corrige.
Y otra opción que pueden hacer, que en la entrega la pueden usar, es indicarle a Qgis, que cuando encuentre un error de geometría, lo saltee y continue el proceso, para esto deben ir al menú Configuración -> Opciones, en la pestaña Procesado, y aquí en la opción Filtrado de objetos no validos, pueden configurarle Saltar (ignorar) entidades con geometria no valida
Saludos!