Hola Thiago,
Tu duda es común y razonable. A ciertos niveles de la realidad, como el mundo subatómico, solo se puede contestar con la experiencia y no con razonamientos a priori, pero a nivel macro cósmico como el de los dados la respuesta parece más clara.
Te doy dos posibles formas de pensarlo:
Forma 1: pintas los dados de tres colores distintos, digamos rojo, azul y negro, de forma tal de distinguir cada dado. En ese caso, la salida de 1 rojo, 2 azul y 3 negro es distinta de la de 2 rojo, 3 azul y 1 negro.
Forma 2: en lugar de tirar tres dados tiras uno tres veces. Entonces se distingue según la vez que salió. Esta claro, que tirar los tres dados a la vez es lo mismo que tirar primero uno luego el otro y por último el que falta. Pero esto también está claro que es lo mismo a tirar un solo dado tres veces. Entonces el orden de la salida distingue el dado.
Bueno espero haber podido despejar la duda. Solo para aclarar, tu duda no es de carácter matemático sino más bien físico, o sea que no hay una explicación matemática para la misma.
Saludos,
Eduardo.