En realidad aplicas
Stokes directo, sabiendo la orientación de la normal de la superficie a la cual le queres calcular el flujo del rotor podes determinar la orientación de los bordes sin problemas y calcular esas circulaciones. Lo de Gauss lo mencione por si no te dabas cuenta de cual era el sentido de las curvas, porque asi aplicas Stokes a las tapas (envés de la superficie que queres calcular) y las orientaciones son mas fáciles de ver con la regla de la mano derecha (igual es fácil también en el otro caso). También te sirve para verificar si el sentido de las curvas lo tomaste bien en el primer caso.
O sea es todo lo mismo, si queres calcular el flujo de rot (Y) y te tomas el campo X tal que X = rot (Y) luego ya sabes que div (X) es cero y si aplicas el teo. de Gauss te queda el mismo resultado, pero a lo que quiero llegar es que aplicas Stokes directo porque no estoy seguro si lo de Gauss se cumple siempre (creo que sí porque Y tiene que ser C1), cuando en clase te explican como calcular el flujo del rotor de un campo con Stokes no utilizan Gauss. Lo que si estoy seguro es que en ese ejercicio se cumple, pero no te quedes con la idea de que tenes que pasar por Gauss para aplicar Stokes.
Fiajte que cuando aplicas Stokes en superficies como un cilindro, tronco de cono, seccion de paraboloide, etc, las orientaciones de las curvas borde son contrarias ("se restan") y si te tomas las orientaciones al revés (contrarias pero no acorde a la normal de la superficie) te da el flujo con la normal opuesta.
Espero que no sea muy confuso y que no me haya equivocado.