Hola Victoria,
imaginate que el dipole está alineado verticalmente, es decir las dos cargas determinan esa línea vertical. El punto donde debes calcular el potencial está sobre esa vertical y el ángulo entre el vector p y el versor r es 0, no 90 grados.
Tu razonamiento es correcto sobre la línea que equidista de ambas cargas, es decir sobre la mediatriz del segmento determinado por las cargas (el eje horizontal). En ese caso V1 = -V2 y el potencial es 0, lo que es consistente con cos(90 grados)=0.
Espero quede claro. Cualquier duda a las órdenes.