Estimado,
La inclusión de la frecuencia no cambia la metodología para nada. En todo caso, te puede afectar la máquina de estados. En este caso en particular, la frecuencia se relaciona con los estados 2 y 3 del switch, donde se deben mantener las luces prendidas por un segundo (un ciclo de reloj), o dos segundos (dos ciclos de reloj). Por lo tanto, como cada transición en la máquina se da cada un ciclo de reloj, eso te dice que si el switch está en la posición 3, tendrías que dar la secuencia 100 -> 100 -> 010 -> 010 -> 001 -> 001 (dos ciclos de rojo, dos ciclos de azul, y dos ciclos de amarillo). Después no hay nada nuevo.
Es posible que confunda un poco que la codificación de estados ya está incluída en la máquina de estados (eso son los números dentro de los estados),, pero no es diferente a otros ejercicios.
Saludos,
Federico