Fernando.
Como dice Pablo, se puede asumir un árbol.
Con respecto a tu otra pregunta, eso depende de tu algoritmo.
Si tu algoritmo usa información específica de que el nodo pertenece a un árbol (p. ej. quien es su padre o hijos) vas a tener antes que correr un agloritmo que arme un árbol y defina una raíz.
Si solo asume que estas en un árbol pero no necesitas información extra entonces no es necesario armar el árbol con un algoritmo.
Espero se entienda.
Saludos