Nosotros siempre sugerimos que se haga en c/c++, justamente porque está todo dentro de la máquina virtual, pero bueno, si quieren hacerlo en Java, adelante.
No, no hay compilador de java incluído, solo el jre. Compilan fuera de la vm para java 1.5 (creo) y 32 bits, y lo pasan y corren en la máquina virtual.
Martín