Me siguió dando el error después de copiarle el contenido, pero encontré otra forma, la pongo acá por si a otro le pasa.
El problema son los enters que tienen los archivos, se puede verificar al ejecutar en la carpeta que están los archivos el comando: file *
Se obtiene la salida:
cache-perf.s: ASCII text
config_A1.cfg: ASCII text
config_A2.cfg: ASCII text
config_A3.cfg: ASCII text, with CRLF, LF line terminators
config_A4.cfg: ASCII text, with CRLF line terminators
config_A5.cfg: ASCII text
config_B2.cfg: ASCII text
config_Bcache.cfg: ASCII text
go.ss: MIPSEL ECOFF executable (paged) not stripped - version 2.11
parteA4.s: ASCII text
test-outoforder.s: ASCII text
Por lo que los archivos de configuración que tienen ese problema son el 3 y el 4.
Ejecutando dos2unix config_A3.cfg y lo mismo para el 4 quedan iguales a los demás y al ejecutar toma bien el archivo de configuración.
Gracias!