Hola,
Algo que siempre funciona en mi caso es pasar los archivos vía scp a la máquina real, y después si pasarlo al pendrive.
Lo que yo hago es:
1) comprimir todo lo que quiero sacar en un tar.gz (asegurate de borrar los .disk o te va a quedar una archivo comprimido de 1 gb)
2) Abrir la consola en la maquina virtual y moverte a la carpeta donde tenes el tar.gz. Hacer:
scp nombre_archivo.tar.gz redesXX@pcunixYYY:~/
donde XX es tu nro se grupo y YYY el de la máquina donde estas.
Luego de eso te autenticas y el archivo se manda a tu carpeta personal de la máquina real y ya podes copiarlo al pendrive.
Espero que te sirva, cualquier cosa avisame x las dudas de que le haya pifiado a algún comando.
Saludos!