Si alguien tiene el mismo problema, dejo la razón de porqué está pasando esto.
Aparentemente tener el TC emula una reordenamiento de los paquetes, por ello, lo mejor es usar wireshark y ver bien que está pasando.
Suponemos que por eso, tener las 2 instancias de tc corriendo joroba más el rendimiento entre las 2 pc que teniendo uno solo.
Por otra parte, hablando con nuestro profesor de monitoreo, nos dijo que podemos disminuir la cantidad de paquetes totales en el mgen, es decir, en vez de enviar 1600 paquetes de 65k, con enviar 160 estaría bien, al menos para ver en poco tiempo los cambios que vamos haciendo.
Sds!