Hola, cómo están? Aquí me comunico para contarles que la capa polígono que da error se soluciona con la función "corregir geometría" en la caja de herramientas. Allí, se agrega la capa en cuestión se pone corregir geometría y listo, ya luego se pueden hacer los geoprocesos sin problema.
Saludos,
Irene