Un hardlink a un directorio es igual a un hardlink a un archivo. Son dos entradas en directorios distintos que apuntan al mismo inodo. La razón para no permitir hardlinks a directorios es porque la estructura de directorios deja de ser un árbol para ser un grafo general con ciclos y hay muchos algoritmos que están pensados para árboles que no funcionan en grafos con ciclos.
Saludos
Saludos