Hola Ramiro,
puede ser que sean parecidos sí. Depende bastante también de los parámetros que usen, y algunos detalles de implementación. Yo cuando lo probé, a veces el de la parte 2 me daba una energía que no llegaba al mínimo. Entonces, pueden probar correr ambos métodos muchas veces, para un mismo N, registrar los niveles de energía que alcanza, y ahí comparar.
Como comentario adicional: no se sabe mucho sobre la cantidad de mínimos relativos (no absolutos) que tiene el problema. Para N < 16 creo que solo tiene un mínimo (el global). Para N=16 ya aparece otro mínimo local con otro nivel de energía. Puede que lleguen a verlo o puede que no.
Saludos!