Las variables de entorno se encuentran de la siguiente manera.
Si lo tienes en inglés buscas environment variables (si no variables de entorno), y debería aparecerte una pestaña de la siguiente forma:
Luego le das abajo a la derecha en "Environment Variables..." y te saldrá algo de este estilo, donde debes darle doble click al "Path" que aparece debajo de "System variables":
Y ahí finalmente le das a "New" y agregas la línea "C:\altera\13.1\quartus\bin".
Después de eso prueba reiniciar la PC y ver si ahora desaparece el problema con el jtag_atlantic.dll.