Va una solución para los que la opción "Marco --> JtacCon + Gdb" les tire un error relacionado con el archivo jtag_atlantic.dll:
Para poder correr correctamente, el Notepad++ espera que el path a quartus/bin se encuentre en las variables de entorno. Para eso tienen que buscar bien dónde tienen esa carpeta, la cual seguramente sea algo del estilo "C:\altera\13.1\quartus\bin".
Luego tienen que ir a donde están las variables de entorno, y bajo "Path" agregar esa línea.
Luego, reiniciando la computadora el problema debería desaparecer.
Saludos,
Juan Pedro.