Cálculo de costo en alineamiento de secuencias

Cálculo de costo en alineamiento de secuencias

de Juan Agustín Rivero Szwaicer -
Número de respuestas: 1

Hola, en la clase 19 de openfing 2018 se planteó el costo de un emparejamiento S como

\text{costo}(S)=\sum_{(i,j)\in S}\alpha_{x_iy_j}+(m+n-2|S|)\delta. Mi duda es si la cantidad de huecos sería (m+n-2|S|) y porqué vale eso. Gracias
En respuesta a Juan Agustín Rivero Szwaicer

Re: Cálculo de costo en alineamiento de secuencias

de Alvaro Martin -
Hola.
Cada elemento de S hace corresponder un símbolo de x con uno de y. Por lo tanto, del total de m+n símbolos que hay entre las dos cadenas, hay 2|S| emparejados (|S| símbolos de x y |S| símbolos de y), por lo cual hay m+n-2|S| símbolos sin emparejar.
Saludos
Álvaro