Bueno, hice andar esto con la última versión de Eclipse, les paso unos piques:
1. La carpeta con el JAR ( org.carleton.scs.disj_1.2.1 ) descomprimirla en C:\Program Files\eclipse\java-2021-06\eclipse\dropins\
2. No poner espacios en el nombre del proyecto, cuando ejecutas una simulación explota con el error que no encuentra el archivo .rec (un archivo que se genera luego de ejecutar una simulación).
3. Si tienen mas de una version de Java instalada, puede pasarles que luego de instalar no puedan volver a abrir Eclipse por tener una versión de Java vieja. Por defecto Eclipse usa la versión definida en el Path, si se quiere usar otra versión hay que editar el archivo C:\Program Files\eclipse\java-2021-06\eclipse\eclipse.ini , antes de la entrada -vmargs hay que agregar la ruta donde está la JVM mas nueva:
...
-vm
C:\Program Files\Java\jdk-16.0.2\bin
-vmargs
...
4. Para instalar GEF, en Eclipse darle a Help -> Install New Software... . En Work With pegar
http://download.eclipse.org/tools/gef/updates/legacy/releases/ , darle Add, poner un nombre y ahí aparece el plugin para bajar.5. Seguir el cookbook a partir del Chapter 3. En el Appendix está el código que usa de ejemplo para copiar y probar.