Hola Federico!
Te contesto mi interpretación de lo que habría que hacer. Yo creo que hay que agregar barras de error a los datos experimentales, esto es, a la medida del radio (la incertidumbre asociada, quizá tenga que ver con el instrumento de medida) y a la medida del perímetro (también su incertidumbre asociada, que puede tener que ver con tu instrumento de medida, o con la forma en que mediste el perímetro). Si hicieron una tabla con los valores medidos, y a cada uno le asociaron una incertidumbre, ese es el valor a graficar como "barras de error". Por ejemplo, si tienen una incertidumbre de 0.1 cm en una medida del radio, tienen que representar dos barras de error, una a izquierda y otra a derecha de esa medida, separadas la distancia equivalente a 0.1cm en su gráfica. Esto se puede hacer en el SciDavis con un botón de la barra superior de herramientas que se llama "Add curves/error bars". Recuerden que cada medida podría tener una incertidumbre distinta asociada.
Sobre "¿cómo calculo la incertidumbre con la fórmula teniendo pi en el medio?": al momento de tener que calcular pi, lo que hacés es despejar pi de la ecuación del perímetro (ecuación 1 del protocolo de Práctica 1). Una vez que lo despejás, podés observar que pi=f(s, R), es decir, pi es una función del perímetro y del radio. El valor de pi lo calculás con la ecuación directo. Luego procedés a calcular la incertidumbre de pi aplicando la fórmula del repartido "Medidas y cifras significativas" (recomiendo te fijes el ejemplo al final de la hoja 6, a mí me parece muy claro).
Espero haber respondido tus dudas, cualquier cosa no dudes en volver a preguntar.
Saludos,
Romina