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Que yo sepa eso solo afecta en como queda w (el vector de velocidad angular del rígido) .

En cuanto a los tensores de inercia no afecta porque lo que importa para que la matriz asociada al tensor sea diagonal depende de que sean ejes principales y no hacia donde apuntan los versores, siempre que cada versor de la base se encuentre en una dirección principal.

Después al hacer cuentas hay que tener cuidado con los signos de los productos vectoriales entre los versores de esa base que no cumple la regla de la mano derecha, por ejemplo si elegís i,j y k siendo i,j "como siempre" y k entrante ahí i x j = - k

Siendo coherente con todo esto se debería llegar a lo mismo.

Saludos.

A mi lo único que se me ocurre que afectaría es si hacés los productos vecoriales como el determinante de una matriz, en cuyo caso la primer fila tiene que ser una base de versores ortonormales en el orden correcto. Pero excepto que utilices esta forma para calcular productos vectoriales ningún problema!