Estimado Leandro,
tal como decís, en el caso de este ejercicio en particular, el par acción-reacción de la normal con que interactúan los discos, es de potencia nula (no vale la pena ir más allá en esto porque tu intuición es correcta, pero fijate que la componente normal de la velocidad de cada rígido en el punto de contacto es la misma ya que eso es lo que asegura que estén en contacto y a partir de ahí si calculás la potencia del par te da nula).
Si hubiera fricción en el contacto, como los discos están deslizando entre sí, el par acción-reacción de la fricción sería de potencia no nula (tenés una diferencia en la componente tangencial de la velocidad de cada rígido en el punto de contacto ya que están deslizando entre sí) y la energía del sistema no se conservaría.
Más en general, el principio de acción-reacción no te dice nada en cuanto a los aspectos energéticos en un sistema (sí en cuanto a la dinámica, porque te asegura por ejemplo que en el planteo de la primera cardinal sólo entren en juego los agentes externos al sistema) porque la potencia del par depende de las velocidades de los puntos donde esté actuando cada fuerza;te recomiendo ver un par de comentarios acerca de este punto al fnal del Capítulo 5 de los Apuntes 2010 (es sobre una partícula y una guía pero se puede extender a dos rígidos sin mucha dificultad).
Saludos,
Ariel.