Buenas!
Cuando se trabaja con Controladores de interrupción implementando el protocolo Daisy-Chain, se pone ahí la habilitación para que las prioridades las maneje únicamente el hardware que uno pone con esa intención. A pesar de que como decís no debería haber problemas de cambiarlo, teniendo en cuenta que más arriba o más abajo tenes que habilitarlas, no habría motivos para no hacerlo al comienzo.
En todo caso, si en un futuro quisieras agregar otro periférico que interrumpa, siendo el de mayor prioridad, si no pusieses la habilitación al comienzo, deberías modificar tanto el hardware como el software de tu diseño, lo que implica incluso que deberías recordar que no seguiste la estructura clásica en una de tus isr.
Espero haber aclarado un poco el tema!
Saludos!
Manuel