Algunos piques:
El instrumento que mide armónicos mide bien si el armónico no es mayor que el fundamental. Tomen lo del instrumento como lo más aproximado a la realidad.
Cuando hacen la FFT hay que pasarle un período (o múltiplos) de datos adquiridos. En su defecto da papas fritas. Fíjense bien que es lo que da la FFT. Prueben de poner una período de una cuadrada de amplitud +-1, pasándole por ejemplo 100 valores, y vean que les da. Hasta que lo que les da la FFT no sea que el fundamental es pi/3 (o /sqrt(2) si son valores eficaces), y que tienen información solo hasta el armónico 50 y que decaen con 1/n, es que algo está mal.
Siempre tengan claro que una cosa es el valor máximo de un armónico, otro su valor eficaz y otro es el valor complejo del espectro en +-infinito.