Martín,
A continuación intentaré responder tus dudas:
1) La dirección link-local está bien si no le seteaste el node-id al nodo. Acordate que si lo hiciste, los últimos dos bytes pasan a ser el node-id. Además, para acceder desde Copper vas a tener que usar el prefijo fd00, como bien pusiste más abajo.
2) No. Sin el Border Router nunca vas a poder establecer una comunicación entre un nodo y el PC. En la clase de IPv6 mencionamos brevemente cómo funcionaba eso:
El BR hace de gateway, y es el encargado de routear los paquetes que vienen de afuera hacia la RSI, y de routear los paquetes que vienen de la RSI hacia afuera. Sin el border router, no podes establecer una comunicación entre un nodo de la RSI, y un dispositivo fuera de ella (tu PC usando el cliente Copper).
Te doy un ejemplo para ver si te puedo aclarar cómo interactúan:
Cuando vos abris Copper, pones la dirección del server CoAp, y le das PING, pasa lo siguiente:
1) Tu computadora genera un mensaje ICMPv6 de PING con destino al server de CoAp.
2) La aplicación tunslip6 que corre cuando ejecutas el comando "make connect router", ve un paquete generado por la PC con destino a un dispositivo con el prefijo "fd00". Como sabe que ese paquete es para la RSI, se lo pasa al BR, quien a su vez lo envía al nodo de destino por la RSI.
3) El server CoAP recibe el paquete y responde al PING. El paquete se routea a través de la RSI hasta llegar al BR, quien se lo pasa a la aplicación tunslip6, y luego se routea al dispositivo que hizo la consulta.
Perdón por lo coloquial de la explicación, pero me parece que lo importante es que entiendas conceptualmente como funciona. Cualquier otra duda consultame.
Saludos,
Javier