Hola,
Efectivamente, estamos suponiendo que el sujeto está a la izquierda del verbo y que el objeto directo está a la derecha. Si se quiere, podemos pensar en categorías vacías, una precediendo al verbo para el sujeto y otra a continuación para el objeto. Esto no siempre es así, sería una especie de caso canónico o más frecuente.
Respecto a los índices:
Sabiendo que el ómnibus tardaría en llegar, Juan empezó a leer el libro que(2) Pedro le recomendó. El vecino que (3) vive arriba también se lo había recomendado.
2. que — (Ni \Ni)/(S/NPi) pronombre relativo objeto --se combina con una oración a la que le falta el objeto directo (Pedro el recomendó ---el libro ----)
3. que — (Ni \Ni)/(S\NPi) pronombre relativo sujeto -- se combina con una oración a la que le falta el sujeto (vecino)
En los ejemplos donde "que" es pronombre relativo se aplica a una oración a la que le falta un elemento (sujeto u objeto) y el resultado es un modificador de nombre. El índice "liga" el SN faltante (objeto u sujeto) en la oración a la que se aplica "que" con el antecedente del pronombre relativo, o sea, el nombre al que refiere en el texto (en ambos casos,el que le precede directamente). En 2, es "libro" lo que Pedro recomendó y en 3 es el "vecino" el que vive arriba. En realidad, el índice debe entenderse refiriendo al N dentro del SN y a todo el SN a la vez, se trata simplemente de una técnica para dar cuenta de correferencias que pueden resolverse de modo sintáctico.
Esta técnica se vio en clase y aparece en una de las referencias.
Saludos
. No me queda claro cómo se llega a eso.
en un caso y 
en el otro? Tampoco sé el índice 
de coindización qué estaría indicando (¿significa que referencian al mismo constituyente?). Lo busqué en el teórico y en las clases grabadas pero no lo encontré.