Hola,
Simplemente escribimos con un índice los GNs.
Para "el libro que Juan compró" sería (muy esquemáticamente)
Juan compró O/GN
el libro GN
que (GN\GNi)/(O/GNi) ("que" pronombre relativo objeto, lo comprado es el GN que precede a "que")
En principio los distintos GN que aparecen en una derivación son entidades diferentes, al coindizar planteamos una restricción de coincidencia