La máquina virtual que estamos utilizando para ejecutar ha sufrido algunos cambios y esto nos ha generado algún problema.
Al instalar cuda de la forma que lo hacíamos rompíamos el gestor de paquetes, lo que luego impedía instalar imagemagick.
Para evitar los problemas alcanza con sustituir el bloque de código que instala Cuda (primer bloque de código) por:
!apt-get install cuda-toolkit-9.2
Saludos!