Gente por si alguien mas esta perdido con ecj, esto es lo que venimos haciendo con mi grupo, disculpen lo breve y mal, espero les ahorre algunas horas (a nosotros nos viene costando unas cuantas):
Se descarga el ejemplo de renzo para el MapColouring contra el que se va a contrastar.
Se descargo la ultima version (26) de ecj del repositorio y vamos a trabajar con ella.
Para poder compilar la librería se prueba con el make incluido en el paquete y no logra compilar (sin importa que se agregue al ./rcbash la ruta al directorio en que estamos trabajando y luego se lo defina como soure).
Se instala maven y se compila con: mvn clean package -e -X teniendo exito y pudiendo ejecutar los apps que vienen por defecto
Dada que la version descargada usa por defecto maven, la estructura de carpetas se divide entre java y resources, las clases van en el primero y lo demas en el segundo (archivo de parametros y de lectura). Por lo que se crea una carpeta <nombre del proyecto> en ./src/main/java/ec/app para las clases que vamos a usar y otra con el mismo nombre en ./src/resources/java/ec/app con el params y los archivos que vamos a leer.
Se vuelve a compliar con maven y encontramos varios errores, pero los mismos no se muestran en consola sino que se deben buscar en los archivos de la carpeta ./target/surefire-reports.
Se modifica la clase integerVectorSpecies para que pueda leer archivos, pero esto da conflicto con las otras Apps que la usan ( tutorial2, highdimension, regression) por lo que se las elimina.
Desde acá los errores que nos están dando parecen ser culpa nuestra y no de integración de tecnología.