Buenas,
Para las simulaciones de circuitos, les recomiendo que no conmuten las entradas junto a flanco de reloj ya que puede traer problemas al no quedar determinado quien sube primero), esto se soluciona agregando un offset a las señales de entrada como se muestra en el ejemplo.
Ej:
1) Seleccionar la señal de entrada ("Input" en este caso) y hacer click derecho.
2) Ir a "value/Offset Waveform Interval..."
3) En "Offset period" se puede seleccionar el offset a agregar (en el ejemplo se agregaron 500 ps).
y listo.
Saludos,
Franco