Hola, lo que sucede es que en RTL las transferencias se realizan al final del paso. En el caso que planteás, para evaluar la bifurcación utilizás el valor actual que tiene la memoria Cont_T[] durante el paso 2 (111); como en el momento de finalizar el paso 2 se realiza el incremento de Cont_T (pasando a valer 111+1=000), al comenzar el paso 3 Cont_T[] vale 000 (es decir, en el mismo flanco de reloj en el que el FF3 del bloque de control pasa a valer 1, se realiza la transferencia de INC(ConT_T[2..0]) a la memoria ConT_T[2..0] del bloque de datos).