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Gracias Martin por verlo y comentar.

Si, quise utilizar el mutex  para bloquear los autos y los barcos que vinieran luego de que el primero quedara bloqueado y no me di cuenta que también quedaba bloqueado el procedimiento puente. Además como el primer auto luego de que llego un barco se bloquea luego de incrementar la variable cont_autos, la variable nunca llegara a 0 por lo que nunca bajara el puente.

En cuanto a dejar toda la lógica en el puente, no se me ocurre muy bien como. ¿Podes colgar la solución que se te ocurrió a vos?

Con las modificaciones la soución que se me ocurrió quedaría así, aunque no me convence mucho.

Program ejercicio_7

var cont_autos: integer
var cont_barcos: integer
var puente_inactivo: bool
var mutex: semaforo
var puente_vacio: semaforo
var bloqueo_barcos: semaforo
var bloqueo_primer_auto: semaforo
var bloqueo_mas_autos: semaforo
var auto_entrada: semaforo
var auto_salida: semaforo
var barco_entrada: semaforo
var barco_salida: semaforo

Procedure auto
begin
    loop
        P(bloqueo_mas_autos)
        P(mutex)
        if cont_barcos <> 0 then
            auto_bloqueado:=true
            V(mutex)
            P(bloqueo_primer_auto)
        else
            V(mutex)
        end if
        V(bloqueo_mas_autos)
        P(mutex)
        cont_autos:=cont_autos+1;
        if puente_inactivo then
            V(puente_vacio)
        end if
        V(mutex)
        P(auto_entrada)
        delay(X)
        V(auto_salida)
        anda_por_ahi()
    end loop
end

Procedure barco
begin
    loop
        P(mutex)
        cont_barcos:=cont_barcos+1;
        if puente_inactivo then
            V(puente_vacio)
        end if
        if cont_barcos = 1 then
            V(mutex)
            P(bloque_barco)
        else
            V(mutex)
        end if
        P(barco_entrada)
        delay(X)
        V(barco_salida)
        navega_por_ahi()
    end loop
end

Procedure puente
var puente_bajo: bool
begin
    puente_bajo:=true
    loop
        P(mutex)
        if cont_autos=0 and cont_barcos=0 then
            puente_inactivo:=true
            V(mutex)
            P(puente_vacio)
            puente_inactivo:=false
        else
            V(mutex)
        end if
        if puente_bajo then
            if cont_barcos <> 0 and cont_autos = 0 then
                puente_bajo:=false
                levantar_puente()
                V(bloqueo_barcos)
            else
                P(auto_salida)
                P(mutex)
                cont_autos:=cont_autos-1;
                V(mutex)
                V(auto_entrada)
            end if
        else
            P(barco_salida)
            P(mutex)
            cont_barcos:=cont_barcos-1;
            if cont_barcos = 0 then
                puente_bajo:=true
                bajar_puente()
                if auto_bloqueado then
                    V(bloqueo_primer_auto)
                end if
            end if
            V(mutex)
            V(barco_entrada)
        end if
    end loop
end

begin
    cont_autos:=0;
    cont_barcos:=0;
    puente_inactivo:=false;
    init(mutex, 1)
    init(puente_vacio, 0)
    init(bloqueo_barcos, 0)
    init(bloqueo_primer_auto, 0)
    init(bloqueo_mas_autos, 1)
    init(auto_entrada, MAX_AUTOS_PUENTE)
    init(auto_salida, 0)
    init(barco_entrada, 1)
    init(barco_salida, 0)
    cobegin
        puente;
        auto; ...
        barco; ...
    coend
end