La bandera es un dato que puede tener dos valores, en este caso 0x00 o 0xFF y se encuentra guardada en memoria a continuación de los minutos y segundo, flagpd (bandera punto decimal). Complementarla quiere decir que si vale 0x00 pase a valer 0xFF y viceversa. Luego despreloj dependiendo de cual sea el estado de esta bandera, prende o apaga el punto decimal de los displays 7 segmentos.
Saludos,
Francisco