No entiendo por qué es un problema. Cuando ustedes "sueltan" el reset, durante ese período el circuito se va a encontrar en el estado que le indicó el reset (q0 en su caso), al producirse un flanco activo con el reset desactivado, el circuito pasa al siguiente estado que corresponda. Lo que les puede estar pasando es que en la simulación, desactivan justo el reset en un flanco activo y por lo tanto en seguida pasa al siguiente estado, por eso es conveniente desactivar el reset un tiempo después del flanco activo para poder ver correctamente el período en que el circuito se encuentra en ese primer estado.
Saludos,