Es correcto que tanto la FAT como los inodos deben persistirse en el disco, sino cuando apagas la máquina perdés todos los metadatos del sistema de archivos.
Para el ejercicio 2.1 se consideró que max_blocks_in_disk ya tiene "descontado" el tamaño de la FAT y los inodos, dado que esto no depende de los datos almacenados en el file system. Usualmente simplificamos este tipo de ejercicios descontando los bloques usados por la FAT y por los inodos
Saludos,
Gustavo.