Capaz que no estoy entendiendo bien la pregunta, estamos de acuerdo con que si tenes el número de i_nodo del archivo podes acceder desde data a sus dir_entry asociados, el tema es que cuando borres el archivo tenes que borrarlo del directorio al cual pertenecia (el padre). Para hacer esto último tenes que recorrer los dir_entry's del padre y marcar como no usado al que corresponda al archivo.