Para los que estuvimos hablando del tema en la clase de consulta de hoy jueves, encontré por qué se me atrasaba el reloj, quizás le pueda servir a alguien mas:
las constantes a cargar en el timer y el contador, son las constantes a decrementar menos uno. En mi caso, me había olvidado de este detalle, por lo que estaba contando un montón de períodos del timer de más.
En fin, por si a alguien le sirve