"Yi = (a|b|...)Yj ..." es la forma en que quedan las ecuaciones cuando aplicamos el "Teorema de Análisis de Kleene" para hallar un exp. reg. correspondiente al lenguaje representado por un autómata M.
"Yi = Yj(a|b|...) ..." es la forma en que quedan las ecuaciones cuando calculamos la clases de RM para un autómata M. Ver material compelentario: "Cálculo de expresiones de las clases de RM".
La diferencia esta en lo que representa Yi en cada método.
En el primero: Yi se define como la expresion regular que define el conjunto de tiras que permite pasar desde el estado qi a un estado final.
En el segundo: Yi se define como la expresion regular que define el conjunto de tiras que permite pasar desde el estado q0 al estado qi