Como tenés una salida de output estándar (stdout), también existe una salida de error estándar (stderr). En cursos anteriores seguro aprendiste a dirigir tu output a otras salidas que no eran la estándar, por ejemplo para escribir a un archivo. De la misma forma, se puede modificar a dónde se escriben los errores.
O sea que vos podés ver que todo va al mismo lado, a "la pantalla", pero no es igual que vos dirijas un mensaje a un stream o al otro. Por poner un ejemplo, si mañana alguien configura para que los errores se guarden en cierto archivo pero deja el output en pantalla normal, y vos estabas mandando tus errores por el stream de output regular, tus errores van a seguir saliendo en pantalla y no se van a guardar en ese archivo. Entonces es importante que vos marques al programa en qué stream querés mandar cada cosa. Idealmente, tus mensajes de error deberías mandarlos siempre por el canal de errores, independiente que tengas o no pensado dirigirlo aparte del output.
http://en.wikipedia.org/wiki/Standard_streams
Saludos