Hola!
Si, está bien pensar que si el programa 'original' tiene 100 instrucciones de las cuales 20% son saltos condicionales, entonces para la CPUa se mantiene en 100 el número de instrucciones y para la CPUb pasan a ser 120 (20 saltos y 20 comparaciones). Lo que está mal es decir que de esas 120, el 20% sean saltos y el 20% sean comparaciones (20 no es el 20% de 120), pero ese es un detalle de la letra o de la interpretación que estamos haciendo.
Sobre la cantidad de ciclos en este caso, yo interpreto que de las dos instrucciones en las que se divide el salto condicional para la CPUa, sólo la segunda toma dos ciclos por ser ésta una instrucción de salto condicional, mientras que la primera toma 1 por ser una simple comparación (instrucción de ALU). Habiendo dicho esto, en realidad no es medular al ejercicio si se interpreta de esta manera o como lo hiciste vos (tomando que ambas duran 2 ciclos), porque el razonamiento que hay que hacer para calcular la aceleración es análogo.
Saludos,
Federico