Primero que nada, el hecho de no poder parametrizar o configurar las carpetas no quita la posibilidad de ejecutar multiples clientes en un mismo host. Suponiendo que se utilicen rutas relativas ( que es lo unico correcto ), basta con copiarse los binarios a otra carpeta y ejecutar desde alli, o aun ni siquiera eso, sino que utilizar diferentes carpetas de trabajo ( working dir ).
De cualquier forma, el largo de los archivos deberia ser irrelevante. El consumo de memoria no puede estar en funcion del mismo (i.e. no consumirse toda la RAM para transferir un archivo de 8GB).
Saludos.