El segundo mensaje que mencionas "No exact pin location assignments..." parece indicar que no hiciste la asignación de pines indicada en la sección "4-Asignar Pines" de la "Guía para realizar el primer diseño con QUARTUS II".
Releé esa sección de la guía y asegurate que haces correctamente la asignación de pines.
Ojo que si grabás en la placa un diseño sin asignar pines o con los pines no asignados se puede dañar la placa!
julio
PD: el otro Warning "Some pins have incomplete..." podés ignorarlo.