Hola Ignacio,
Si bien en muchos sistemas de archivos se mantiene una referencia en los directorios al directorio actual y/o al padre, no es estrictamente necesario. Por lo tanto, a menos que te indiquemos lo contrario, puedes suponer que un directorio vacío no ocupa ningún bloque, ya que no habría que almacenar ninguna dir_entry.
Por las dudas, ten en cuenta que todos los directorios y archivos, aunque estén vacíos, sí tienen asignado un inodo.
Saludos,
Santiago.