Hola Matias,
te comento que v1(1) < v2(1) se usa para evaluar los valores de los primeros elemento, no el largo de los vectores. Comparar los largos no es correcto ya que los vectores pueden tener el mismo largo pero valores diferentes (por ejemplo [1 2 3] y [11 22 33]). La idea de la solución es comprar los primeros elementos de cada vector. Si los elementos son iguales, no se agregan a la solución y se sigue analizando ambos vectores sin los primeros elementos. Si uno es menor del otro, el menor se agrega a la solución y se sigue analizando los vectores, pero sacando el elemento que fue agregado a la solución.
Te recomiendo también que pruebes tu código en octave ya que la línea
vdif = [vdifRec(v1), v2(1:n2-1),v2(n2)];
tiene un par de problemitas de sintaxis.
Espero que te haya quedado más clara la solución.
Saludos!