Las dos formas son válidas.
Puede ser como vos decís, por hardware con el reset del sistema.
También puede ser por software. En ese caso lo que tienes que poner en la rutina de inicialización será un IN o un OUT, dependiendo de que pulso hayas conectado al clear del FF.
Por las dudas aclaro, si es un IN, no puede ser en la misma dirección que usas para leer el FF de handshake porque en ese caso estarías borrando el FF en el mismo momento en que lo estás leyendo y leerlas siempre un valor 0.
Puede ser como vos decís, por hardware con el reset del sistema.
También puede ser por software. En ese caso lo que tienes que poner en la rutina de inicialización será un IN o un OUT, dependiendo de que pulso hayas conectado al clear del FF.
Por las dudas aclaro, si es un IN, no puede ser en la misma dirección que usas para leer el FF de handshake porque en ese caso estarías borrando el FF en el mismo momento en que lo estás leyendo y leerlas siempre un valor 0.