Hola Diego,
una respuesta general a la primera pregunta es que para todo pueden usar el procedimiento que crean más convieniente, siempre y cuando tenga sentido, explote correctamente el paralelismo de la GPU, y esté bien explicado en el informe. Ordenar el arreglo y quedarte con la posición del medio es una forma directa de obtener la mediana, pero si encontrás otro método mejor lo podés usar. Sé que hay una forma utilizando histogramas.
Las imágenes ppm quedan generadas en la carpeta donde se ejecuta el programa. Luego tendrías que transferirlas a tu computadora usando scp. Por ejemplo en linux con el comando scp login.cluster.uy:/clusteruy/home/.../imagen.ppm .
Saludos!