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Francisco el diagrama de bode no solo es valido para sistemas estables, vale para todo tipo de sistemas.
Creo que tu confusion debe venir por el hecho que el diagrama de bode es la respuesta en frecuencia del sistema y no lo podria ensayar si es inestable, esto es parcialmente cierto, lo que se hace es realimentar el sistema para estabilizarlo y se ensaya el sistema realimentado y luego se deduce la respuesta en frecuencia en lazo abierto