Esa última ecuación no la podés aplicar porque el campo no es uniforme en toda la superficie y además no es perpendicular a la superficie. El flujo obtenido por Gauss es independiente de la forma y del tamaño de la superficie cerrada. Si la carga no estuviera a d/2 tampoco te serviría usar el cubo de lado d. Lo podemos hacer porque por simetría todas las caras del cubo tienen el mismo flujo